Şanlıurfa’da Vali Fuat Bey Caddesi’nde (Yeniyol) bulunan Selahattin Eyyubi Camisi’nin bulunduğu yerde Piskopos Nona tarafından 457 yılında yaptırılan Aziz Yuhannes (Vaftizci Yahya) Kilisesi bulunuyordu. Bu yapı aynı zamanda Adalet Sarayı olarak da kullanılmıştır. Selahattin Eyyubi döneminde bu kilisenin üzerine 900–1250 yılları arasında Selahattin Eyyubi Camisi yapılmıştır. Kilise kesme taştan dikdörtgen planlı ve üç nefli ve bazilika plan düzeninde yapılmıştır. Kilisenin üzeri içten beşik tonoz, dıştan da düz dam ile örtülüdür. Neflerin orta bölümü yan neflerden daha geniş ve daha yüksektir. Girişi batı yönünde olup, burada yedi bölümlü bir narteks bulunmaktadır. Camiye çevrildikten sonra narteks son cemaat yeri olarak kullanılmaktadır. Bu bölüm altı yuvarlak sütuna dayanmaktadır. İbadet mekânı oldukça geniş ölçüde pencerelerle aydınlatılmıştır. Bu pencerelerin kenarlarında yarım sütunlar ve birbirlerine dolanmış ejder kabartmaları bulunmaktadır. Ayrıca yarım sütunların başlıkları üzerindeki haç taşıyan azizler ve kuş figürleri de yapının camiye çevrilmesinden sonra sıva ile kapatılmıştır. Bunun dışında yapı içerisinde herhangi bir bezemeye rastlanmamaktadır.
Kilisenin apsisi yarım kubbelidir. Bunlardan orta apsis yan apsislere beşik tonozlu koridorlarla bağlanmıştır. Apsisler Suriye bazilikalarında görüldüğü gibi dışarıya çıkıntılı olmayıp, düz bir duvar şeklindedir. Yan apsislere bitişik olarak beşik tonozlu pastoforium (papaz hücreleri) eklenmiştir.
Bu kilise ile ilgili eski fotoğraflarda yanında mezarlık bulunduğu ve kilisenin de düz bir çatı ile örtülü olduğu anlaşılmaktadır. Yapı uzun yıllar harap durumda kalmış, bir ara elektrik santrali olarak kullanılmış ve 28 Mayıs 1993’te onarılarak Selahattin Eyyubi Camisi olarak ibadete açılmıştır.
